Ambientado en el ocaso se la era Muromachi, Shinobido comienza con un rico universo sobre el que desarrollarse del que añade de su mano componentes propios sin llegar a deformarlo. Es por ello, que esta es una de sus principales virtudes que forma un excelente marco de la historia.Los escenarios son una base fundamental, no son muchos, y se visitan repetidamente realizando los distintos encargos. La clave de estos es su detalle, conocerlos y utilizarlos ventajosamente dependiendo de la situación que tengamos que afrontar. Cuando esto ocurre todo se desarrolla de una forma mucho mas ágil, tanto a la hora de elaborar planes de acción como de afrontar los imprevistos.
Todo el desarrollo gira en torno a la elección de los distintos encargos a llevar a cabo para los tres diferentes clanes. En cada jornada elegiremos un encargo (con otro clan como objetivo en muchas ocasiones) que podrá completar con éxito o no, además de poder ser descubierto, dependiendo de esto en la siguiente jornada los clanes tomaran distintas medidas y serán distintas sus intenciones con respecto a nosotros y los otros clanes. En el caso de que decidamos colaborar con un clan en numerosas ocasiones y debilitar a otro puede llegar el momento de que nos pidan encargarnos del líder de ese clan, y eliminar así a esa facción o podemos colaborar con todos al mismo tiempo sin que descubran que trabajamos para los otros.
Si en una misión conseguimos obtener los planos de, por ejemplo, arcos y se los entregamos a otra facción, a partir de ese momento dispondrá de esa tecnología, que sufriremos si nos enfrentamos a ellos en otro encargo. Además de esto, los otros clanes también contaran con los servicios de otros mercenarios a los que habrá que hacer frente, incluso en duelos individuales.
